En el caso de la variante de Reino Unido se observa un aumento en la frecuencia de detección semana a semana desde el inicio de su detección. Hasta el momento, no se detectó la de Sudáfrica.
Son cuatro las variantes de relevancia epidemiológica que se detectaron en nuestro territorio que corresponderían a casos de infecciones adquiridas en la comunidad o de origen desconocido: la variante 501Y.V1 (Reino Unido), la variante 501Y.V3 (Manaos), la variante P.2 (Río de Janeiro) y la variante CAL.20C (linaje B.1.427, California). Lo afirma el último reporte que presentó el Consorcio Proyecto PAIS -creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación- sobre 297 muestras de personas infectadas por SARS-CoV-2 residentes en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y la Provincia de Buenos Aires, sin antecedentes de viaje al exterior, y de 16 muestras de residentes en Córdoba, relacionados con reingreso de turistas argentinos, contactos estrechos o casos adquiridos en la comunidad. Todas las muestras fueron obtenidas entre el 1 de febrero y el 15 de marzo de 2021. Algunos de los casos detectados de las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V3 (Manaos) y CAL.20C (California) corresponden a individuos sin antecedentes de viaje ni contacto estrecho con viajeros. Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica).
-Detección de la variante 501Y.V1 (Reino Unido)
La combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se detectó en 16 casos (13 de CABA y 3 del GBA oeste), tres de ellos corresponden a contactos estrechos de los casos reportados, mientras que los otros diez corresponderían a casos de adquisición en la comunidad. En la provincia de Córdoba se detectaron seis casos de la variante 501Y.V1 (Reino Unido), de los cuales cuatro presentan antecedente de viaje y dos son contactos estrechos de estos.
Es importante destacar que se observó un aumento en la frecuencia de detección de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) en el AMBA durante las últimas semanas epidemiológicas.
-Detección de la variante 501Y.V3 (Manaos)
La combinación de mutaciones características de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) se detectó en tres casos de CABA, dos de los casos presentan nexo epidemiológico entre sí (contacto estrecho). Ningún caso tiene antecedente de viaje al exterior ni contacto estrecho con viajero, por lo que corresponderían a casos de origen desconocido. En Córdoba se detectaron seis casos de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos), de los cuales uno presentó antecedente de viaje y los cinco restantes son contactos estrechos de este.
-Detección de la variante P.2 (Río de Janeiro)
En 35 casos se confirmó la identificación de la variante P.2 (Río de Janeiro) por secuenciación de genoma completo y análisis filogenético. De ellos, solo uno tenía antecedente de viaje, y el resto corresponden a casos de circulación comunitaria.
-Detección de las mutaciones S_L452R/Q y de la variante CAL.20C
En dos de estos casos, se identificó la variante CAL.20C (linaje B.1.427, California) a partir de la secuenciación del genoma completo, uno de ellos de CABA. En otros 36 casos se detectaron mutaciones S_L452R/Q, los cuales continúan bajo análisis.
La vigilancia activa de estas variantes fue realizada por el Consorcio Argentino de Genómica de SARS-CoV-2, a través de los nodos de secuenciación del Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez (CABA), del Laboratorio UGB-INTA (Castelar) y el Laboratorio Central de la Ciudad de Córdoba.
Es importante destacar que en caso que haya un aumento en la frecuencia de detección de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) en las próximas semanas podría tornarse la variante dominante de las nuevas infecciones como sucedió en países de Europa y Estados Unidos.
Es sumamente relevante reforzar las medidas sanitarias de prevención de nuevos casos (distanciamiento físico, ventilación de ambientes, lavado frecuente de manos, uso de barbijos) hasta la disponibilidad de vacunas para toda la población en mayor riesgo de padecer enfermedad severa por SARS-CoV-2.
Características biológicas de las variantes y mutaciones relevantes
Variante 501Y.V1 (Reino Unido): Esta variante ha sido asociada a una mayor tasa de transmisión (30-90%) que las variantes que han circulado previamente. A su vez, esta variante ha sido asociada con un mayor riesgo de hospitalizaciones y muerte.
Variante 501Y.V3 o P.1 (Manaos): Esta variante ha sido asociada a una mayor tasa de transmisión y rápida propagación, respecto de variantes de la primera ola.
Mutación E484K en la proteína Spike: Se encuentra presente en las variantes P.1 (Manaos) y 501Y.V2 (Sudáfrica) (en combinación con otras mutaciones relevantes en Spike) y también en la variante P.2 (Río de Janeiro). Además, resulta una mutación emergente de muy reciente aparición en otras variantes como en la variante 501Y.V1 (Reino Unido) que fue denominada “cluster B.1.1.7 con E484K”, entre otras. Se asoció con resistencia a la neutralización por anticuerpos monoclonales, sueros de convalecientes y de vacunados.
Mutación L452R/Q/M en la proteína Spike y variante CAL.20C (linajes B.1.427/B.1.429, California): Los linajes B.1.427 y B.1.429 emergieron en mayo del 2020, pero aumentaron su frecuencia de 0% a >50% entre septiembre de 2020 y fines de enero de 2021, con una transmisibilidad levemente aumentada respecto de otros SARS-CoV-2 circulantes. Estos resultados de un aparente mayor nivel de transmisión, sumado a un impacto significativo en la neutralización de anticuerpos monoclonales aprobados para el tratamiento de la COVID-19, y una moderada reducción de la neutralización mediada por sueros de convalecientes o de inmunizados por vacunas impulsó al CDC (Centros para el Control y Prevención de Enfermedades) de los Estados Unidos a clasificar estas variantes como de preocupación (variants of concern, VOC).
Participaron del reporte
Nodo secuenciación Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez; Nodo secuenciación y análisis UGB-INTA; Nodo de secuenciación de Córdoba IPAVE-INTA-CIAP; Nodo evolución. Por los Nodos de toma y procesamiento de muestras clínicas: Laboratorio de Virología, Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez (CABA), UFU Hospital Rivadavia (CABA), Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Cosme Argerich (CABA), Hospital Alemán (CABA), COE COVID –Epidemiología (CABA), Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos “Evita” (Lanús, Provincia de Buenos Aires), Servicio de laboratorio del Hospital Teresa Germani Laferrere (La Matanza, Provincia de Buenos Aires), Laboratorio del Hospital Interzonal General de Agudos “Evita” (Lanús, Provincia de Buenos Aires), Laboratorio de Virología Molecular-Hospital Blas L. Dubarry (Mercedes, Provincia de Buenos Aires), Departamento de Ciencias Básicas–Universidad Nacional de Luján (Provincia de Buenos Aires), Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID-Universidad Nacional de Hurlingham (Hurlingham, Provincia de Buenos Aires), Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la Provincia de Córdoba, Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas-Universidad Nacional de Córdoba.
Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-CoV-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones con el objetivo de secuenciar el genoma y realizar demás estudios genómicos del SARS-CoV-2.
Coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez, el equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de SARS-CoV-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.
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